La Basilica di San Vittore costituisce con la torre campanaria ed il Battistero di San Giovanni il cuore religioso di Varese.

L'attuale edificio è frutto di interventi diversi avvenuti in tre momenti successivi: dapprima il profondo presbiterio realizzato nella prima metà del XVI sec.; poi l'aula a tre navate, che sostituì la precedente chiesa - forse romanica - coronata dallo splendido tiburio, opera di Giuseppe Bernasconi, edificata tra il 1589 ed il 1625; infine, la neoclassica facciata costruita tra il 1788 e il 1791 su disegno di Leopoldo Pollack.

All'interno, lo sguardo è attratto dal presbiterio su cui si innesta l'abside poligonale, il cui impianto di matrice bramantesca, venne alterato dagli interventi effettuati a partire dalla seconda metà del sec. XVII.

L'altare, esempio notevole del barocchetto lombardo, venne progettato dall'architetto milanese Bartolomeo Bolla, e realizzato dagli scultori viggiutesi Buzzi tra il 1734 e il 1742; Elia Vincenzo Buzzi scolpì le statue, su disegno di Pierantonio Magatti. 

Il nuovo assetto del presbiterio, secondo le norme del Concilio Vaticano II, ha avuto definitiva sistemazione nel 1991 con la realizzazione dell'altare, dell'ambone, della sede e della croce astile offerti in memoria di Paolo VI e realizzati su disegno di Floriano Bodini.